消化器 / 肝臓グループ
子どもの肝臓・腸管に関わる病気を専門的に診察しています。長引く下痢や腹痛、便秘や血便、原因不明の肝障害や黄疸、肥満に伴う脂肪肝などを、専門的な観点から精査・治療にあたっています。
小児がん / 血液グループ
小児がん・血液ブループは神波、辻本、市川の3名が担当しています。診療モットーは「子どもたちに一日一笑」です。看護スタッフ、病棟保育士さん、チャイルドライフスペシャリストさん、院内学級の先生とともに日々モットーの実現に務めています。
未熟児 / 新生児グループ
県内唯一の総合周産期母子医療センターとして、新生児専用救急車、ドクターヘリで県内の新生児救急に24時間で対応しています。産科・小児外科・心臓血管外科・眼科など各科と協力しながらあらゆる新生児疾患を対象とし治療しています。
神経グループ
和歌山県立医科大学小児科が日本小児神経学会専門医研修施設に登録されており、小児神経疾患全般の治療を担当しています。一次救急であるけいれん重責発作からICU管理を要する重症疾患まで対応しています。
腎グループ
IgA腎症およびネフローゼ症候群の治療法を確立するための全国多施設による臨床治療研究（厚生労働省科学研究、小児IgA腎症治療研究会、小児難治性腎疾患治療研究会）を進め、成果をあげています。
循環器グループ
循環器グループは、先天性心疾患、川崎病・心筋症を中心とする後天性心疾患の臨床、研究を行っています。先天性心疾患については胎児診断のついた症例や生後に診断された重傷心疾患の診断・治療に当たっており、その手術については、心臓外科の協力のもとに年間約70症例前後行っています。
遺伝グループ
臨床遺伝専門医による先天異常疾患の総合的な診療を行っています。
ダウン症候群を中心とする染色体異常症、遺伝性疾患、原因が不明な奇形症候群など様々な先天異常症を対象としています。
内分泌グループ
内分泌グループでは、ホルモンの病気や代謝の病気を中心に診療を行っています。具体的には、身長に関すること（低身長・高身長）、発育（思春期早発症・遅発症）や肥満、甲状腺の病気（バセドウ病など）や副腎の病気、糖尿病など多くの疾患の対応にあたっています。
アレルギーグループ
アレルギーグループでは、食物アレルギー、アトピー性皮膚炎、アレルギー性鼻炎、気管支喘息などの病気を中心に診療しています。現在、成人領域ではアレルギー性鼻炎、花粉症を根本から治す、体質を改善する舌下免疫療法が広く行われています。